Kartläggningen av havsbotten inleds med en bred, initial scanning av området. En mer detaljerad scanning utförs sedan av de mest intressanta områdena. En utvald del av havsbotten blir scannad hundratals gånger i olika riktningar utefter ett exakt rutmönster. Scanningen utförs i första hand på nätterna då förhållandena är bäst.
Huvudkomponenten i scanningsystemet är en så kallad transducer som monteras på eller bogseras i en så kallad "fisk" efter våra scanningbåtar. Transducern arbetar med multipla frekvenser av chirp typ och är icke invasiv, d.v.s. den påverkar varken djur eller botten under scanningprocessen.
Under datainhämtningen styrs fartyget med hjälp av GPS med hög noggrannhet och autopilot enligt ett datorgenererat sökmönster.
Signalerna sänds nedåt i riktning mot botten och ner i bottensedimentet. Ekona från dessa signaler fångas upp och analyseras. Systemet är kalibrerat för att upptäcka objekt som ligger flera meter under botten, vilket ger oss en unik möjlighet att kartlägga de bottennära strukturerna med stor noggrannhet.
Efter avslutad scanning skickas den insamlade rådatan för bearbetning i den egenutvecklade analysprogramvaran.
Bearbetningen av rådata kräver mycket datakraft, men även stor erfarenhet och kunskap av RWMTs analytiker som tolkar bilderna.